matchms
Spectral similarity and compound identification for metabolomics. Use for comparing mass spectra, computing similarity scores (cosine, modified cosine), and identifying unknown compounds from spectral libraries. Best for metabolite identification, spectral matching, library searching. For full LC-MS
Оригинален текст · няма потвърден превод на българскиПърво прочетете инструкцията.
Файлът се зарежда от посочения източник само по ваше действие. Можете да го прочетете тук, да го копирате или да го запазите като .md.
GitHub хранилище- Звезди на репото
- 27 938
- Лиценз
- Не е посочен. Проверете в репозитория.
- Последна проверка на записа
- Няма посочена дата
Добавете в своя инструмент.
Командата отваря избора на skills от репозитория. Прочетете файла и условията на автора преди изпълнение.
npx skills add K-Dense-AI/claude-scientific-skillsСтраницата копира текст. Не инсталира и не изпълнява нищо на устройството ви.
Откъс от SKILL.md
Началото на файла на автора, без превод.
Matchms
Purpose and Scope
Matchms is a Python package for importing, cleaning, processing, and comparing tandem mass spectra. This skill targets matchms 0.33.1, released 2026-06-08, verified again on 2026-10-01. Older tutorials can use removed names; see the migration reference.
Use matchms for:
- MS/MS library search and query-versus-reference scoring
- Metadata harmonization, adduct/precursor handling, and peak filtering
- Cosine, modified-cosine, neutral-loss, approximate, and entropy scoring
- Structured score matrices, top-hit extraction, and spectral networks
- MGF, MSP, mzML, mzXML, JSON, mzSpecLib, and metabolomics-USI workflows
Do not use matchms as a replacement for:
- LC-MS feature detection, chromatographic alignment, peptide identification, or protein quantification — use pyopenms
- Vendor raw-file conversion — convert to mzML/mzXML first
- A validated compound-identification protocol — similarity is evidence, not proof of identity
Install the Verified Release
Create or activate an environment, then install the release used by this skill:
uv pip install "matchms==0.33.1"
Verify the runtime:
uv run python -c "import matchms; print(matchms.__version__)"
Matchms 0.33.1 supports Python 3.10-3.14 and installs RDKit as a regular
dependency. The old matchms[chemistry] extra is not part of the current
package metadata.