alphagenome-atlas-website-links

google-deepmind · ИнструментиЕзик на описанието

Constructs deep-links and URLs for the AlphaGenome Atlas website. Supports generating single-variant exploration links (1-based chr:pos:ref>alt), genomic locus views (1-based closed chr:start-end), candidate summary tables, and AlphaGenome reference vs. alternate predictions. Use whenever visualizin

Оригинален текст · няма потвърден превод на български

Платформи: Не са посочениНиво: Не е посоченоВ индекса: 22.09.2026 г.Обновен в GitHub: 15.09.2026 г.

Първо прочетете инструкцията.

Файлът се зарежда от посочения източник само по ваше действие. Можете да го прочетете тук, да го копирате или да го запазите като .md.

Оригинален SKILL.md

GitHub хранилище

Звезди на репото: 3116
Лиценз: Apache-2.0
Последна проверка на записа: 22.09.2026 г.

Добавете в своя инструмент.

Командата отваря избора на skills от репозитория. Прочетете файла и условията на автора преди изпълнение.

npx skills add google-deepmind/science-skills

Страницата копира текст. Не инсталира и не изпълнява нищо на устройството ви.

Откъс от SKILL.md

Началото на файла на автора, без превод.

AlphaGenome Atlas Deep-Linking & URL Configuration

Construct and validate deep-links for the AlphaGenome Atlas web application (https://deepmind.google.com/science/alphagenome/atlas).

Base URL: https://deepmind.google.com/science/alphagenome/atlas

[!IMPORTANT] Mandatory Atlas Deep-Linking with Variant Scores: Whenever presenting, discussing, or scoring genetic variants, you MUST always provide clickable deep-links to the AlphaGenome Atlas. Use scripts/alphagenome_atlas_links.py to automate link and table generation.

Prerequisites

# 1. Single Variant Exploration Link:
uv run scripts/alphagenome_atlas_links.py variant "chr9:128225994:G>A" \
  --biosample K562 \
  --modalities RNA_SEQ,DNASE,CHIP_TF

# 2. Genomic Locus / Interval Link:
uv run scripts/alphagenome_atlas_links.py locus "chr11:5288500-5290500" \
  --biosample K562 \
  --modalities RNA_SEQ,DNASE,CHIP_TF

# 3. Format Candidate Variant Records Table (with embedded clickable links):
uv run scripts/alphagenome_atlas_links.py table --input top_variants.json --biosample K562

# 4. Construct Ref vs. Alt Track Predictions Link (/atlas/track-predictions):
uv run scripts/alphagenome_atlas_links.py track-predictions \
  --variant "chr15:42387805:C>G" \
  --gene CAPN3 \
  --biosample "Muscle_Skeletal"

2. URL Query Parameters

Целият SKILL.md в GitHub