boltzgen
All-atom protein design using BoltzGen diffusion model. Use this skill when: (1) Need side-chain aware design from the start, (2) Designing around small molecules or ligands, (3) Want all-atom diffusion (not just backbone), (4) Require precise binding geometries, (5) Using YAML-based configuration.
Оригинален текст · няма потвърден превод на българскиПърво прочетете инструкцията.
Файлът се зарежда от посочения източник само по ваше действие. Можете да го прочетете тук, да го копирате или да го запазите като .md.
GitHub хранилище- Звезди на репото
- 101
- Лиценз
- Не е посочен. Проверете в репозитория.
- Последна проверка на записа
- Няма посочена дата
Добавете в своя инструмент.
Командата отваря избора на skills от репозитория. Прочетете файла и условията на автора преди изпълнение.
npx skills add adaptyvbio/protein-design-skillsСтраницата копира текст. Не инсталира и не изпълнява нищо на устройството ви.
Откъс от SKILL.md
Началото на файла на автора, без превод.
BoltzGen All-Atom Design
Prerequisites
| Requirement | Minimum | Recommended |
|---|---|---|
| Python | 3.11+ | 3.12 |
| CUDA | 12.0+ | 12.1+ |
| GPU VRAM | 24GB | 48GB (L40S) |
| RAM | 32GB | 64GB |
How to run
First time? See Getting started to set up Modal and biomodals.
Option 1: Modal (recommended)
# Clone biomodals
git clone https://github.com/hgbrian/biomodals && cd biomodals
# Run BoltzGen (requires YAML config file)
modal run modal_boltzgen.py \
--input-yaml binder_config.yaml \
--protocol protein-anything \
--num-designs 50
# With custom GPU
GPU=L40S modal run modal_boltzgen.py \
--input-yaml binder_config.yaml \
--protocol protein-anything \
--num-designs 100
GPU: L40S (48GB) recommended | Timeout: 120min default
Available protocols: protein-anything, peptide-anything, protein-small_molecule, nanobody-anything, antibody-anything
Option 2: Local installation
git clone https://github.com/HannesStark/boltzgen.git
cd boltzgen
pip install boltzgen # or: pip install -e .
# Driven by the boltzgen CLI with a YAML design spec
boltzgen run binder_config.yaml \
--output out/ \
--protocol protein-anything \
--num_designs 50
The first run downloads model weights (~6GB) to ~/.cache. Verify a spec with
boltzgen check binder_config.yaml before a full run.
GPU: L40S (48GB) | Time: ~30-60s per design
Key parameters (CLI)
| Parameter | Default | Description |
|---|---|---|
--input-yaml | required | Path to YAML design specification |
--protocol | protein-anything | Design protocol |
--num-designs | 10 | Number of designs to generate |
--steps | all | Pipeline steps to run (e.g., design inverse_folding) |
YAML configuration
BoltzGen uses an entity-based YAML format where you specify designed proteins and target structures as entities.
Important notes:
- Residue indices use
label_seq_id(1-indexed), not author residue numbers - File paths are relative to the YAML file location
- Target files should be in CIF format (PDB also works but CIF preferred)
- Run
boltzgen check config.yamlto verify your specification before running